Сравнение Карта расположения генов между видами. Результаты этих сопоставлений указывают существенные сохранения блоков генов и даже большие сегменты хромосом между видами. Великий использование может состоять из этого сохранения позиция карты. Например, в случае млекопитающих, это означает, что если ген был сопоставлен в одном или обоих видов интенсивно сопоставлены (людей и мышей), скорее всего, местоположение этого гена в других млекопитающих можно предсказать с значительной уверенностью. И наоборот, если сопоставленный анонимные ДНК маркер имеет влияние на количественных признаков (что свидетельствует о причастности к Локус количественных признаков (QTL) маркера), скажем, скот, а затем знания о сравнительной карте между скот и людей может идентифицировать гены в регионе гомологичных генома человека, что может соответствовать QTL. Такие гены называются сравнительных позиционные кандидат генов (сахара).