Класс эндонуклеазами, который расщепляет ДНК после признания определенной последовательности, например, Bam H1 (5´GGATCC3´), Эко ри (5´GAATTC3´) и Хин dIII (5´AAGCTT3´). Существует три типа Энзимы эндонуклеазы:

типа I: отрубы неспецифически расстояние больше чем 1000 bp от признания последовательности и содержит ограничение и метилирования деятельности.

Тип II: Сокращения на или вблизи короткий и часто рецидивирующий (сахара), цены признание последовательности. A отдельный фермента метилирует одной и той же последовательности признание. Они могут сделать разрезы в две нити ДНК точно напротив друг друга и создают тупым заканчивается, или они могут сделать поэтапного сокращения для создания липкие концы. Энзимы ограничения II типа являются те, обычно эксплуатируются в технологии рекомбинантной ДНК.

Тип III: отрубы 24-26 bp вниз по течению от короткого, асимметричные признание последовательности. Требует АТФ и содержит ограничение и метилирования деятельности.