Молекулы двуцепочечной ДНК или гибридной ДНК-РНК, где каждая стренга различного происхождения, и следовательно, содержащий один или более несовпадающими пар (без дополнительных). Дуплекс ДНК готовится путем гибридизации молекул одноцепочечной ДНК из двух различных источников. Где двух ННО имеют одинаковые или очень похожие последовательности, молекулы двуцепочечной будет создана, то где двух ННО отличаются в последовательности, одноцепочечной регионов будет по-прежнему. Гетеродуплексного будет обнаружено как сингл нить «кусты» когда ДНК микроскопически наблюдается электронов. Таким образом, могут быть построены карта гомологичных и не гомологичных регионов двух молекул. Этот процесс известен как гетеродуплексного сопоставления.